站务板块经过整合，组建了南京公路客运站务有限公司，下设南京汽车客运站、汽车客运南站、汽车东站、客运北站、江宁站和葛塘站等6家客运站及南京联网售票服务中心，管理进站班线300余条，日发客流5万人次，高峰日发18万人次。站务公司成立后，打破班线资源在各车站之间的流动瓶颈，根据旅客流量、流向合理调配全市班线资源，便捷更多的旅客出行需求。随着高铁南京北站进入十三五计划，未来江北客运站也将依高铁站而建，并规划建设泰冯路客运站。
南京汽车客运站（别名：小红山客运站、南京小红山站）位于南京市玄武区红山路1号，比邻南京火车站北站房，位于红山南路以南，南京火车站站北广场东边，属于铁路南京火车站综合枢纽的重要组成部分。南京汽车客运站是一级客运站，现有21个常规售票窗口和10个临时售票窗口；配备18台自助售票机（其中1台为现金售票机），24小时售票；车站启用智能自助闸机，网上购票的乘客可以直接刷身份证进站乘车；车站检票平台划分为上下两层，共44个检票门号；车站共有进站班车800多辆，客运班线380多条，正班日发班次约1100班，车站日发送旅客1.5万人次左右，节日高峰可达6万人次，班车遍及全国19个省64个地区。旅客可乘坐南京地铁1号线、南京地铁3号线至南京站到达。南京汽车客运站紧靠南京火车站，10分钟之内步行可实现普铁、动车、高铁、长途汽车与公交车、出租车、地铁、机场大巴的无缝换乘。
南京汽车客运南站位于南京市雨花台区玉兰路98号，是南京南部新城核心区，比邻亚洲最大高铁站南京南站，是中国首家实现火车、长途客运、地铁、市内公交、出租车、社会车辆等6种火狐体育ios下载方式无缝链接和零距离换乘的新型智能化综合枢纽汽车客运站，列为国家重点示范工程。南京汽车客运南站是一级客运站，设有发车位23个，检票口21个，售票窗口22个，配备直升电梯及多部扶手电梯。营运班线156条，辐射范围覆盖山东、浙江、湖北、安徽等六省，平均日发送班车780个班次，运送旅客约1.8万人次，节假日最高单日运送旅客量7.5万人次。旅客可乘坐南京地铁1号线、南京地铁3号线、南京地铁S1、S3号线至南京南站到达。南京汽车客运南站紧靠南京火车南站，10分钟之内步行可实现普铁、动车、高铁、长途汽车与公交车、出租车、地铁、机场大巴的无缝换乘。
南京长途汽车东站位于南京市玄武区花园路17号，是多功能公用型一级客运站。车站始建于1989年，占地总面积50000平方米，北接312国道，西与南京火车站相距2.5公里，交通便利。车站现有售票窗口13个，检票口22个，发车位26个，停车位100个。经营线路近百条，主要担负江苏省苏南、扬州、泰州地区和浙江、福建、广东、河北、江西、湖南、皖南等7省地区的长途客运任务。辐射江苏、浙江、福建、江西、河南、河北、安徽、广东等省近百余个市县。在营班车有现代、大宇、沃尔沃、凯思鲍尔、金龙、宇通等各类高中档车型。日发班次400余班，日均发送旅客5000人/次，高峰时旅客出口量可达3万人。
江宁汽车客运站是省交通厅核准的二级客运站，成立于2008年1月，坐落在江宁科学园区内，位于天元东路388号，傍邻江宁大学城南京江宁义乌小商品城，东临宁杭高速，南接绕越高速。区内公交有803路、806路、827路、817路、819路、822路、829路、851线、832线、839直达车站。车站占地面积2.5万平方米，建筑面积2500米，设计年度日旅客发送量6400人次。车站各类服务设施齐全，拥有6个全市联网的电脑售票窗口，6个检票发车门号。目前车站日发长途班次近80班，主要发往上海；江苏的徐州、宿迁、连云港、淮安、盐城、泰州、南通、扬州、苏州、无锡、常州等地区；山东单县；安徽六安、泗县；河南固始等。江宁汽车客运站还开通了江宁至南京市区的城郊快客班车。
南京葛塘汽车客运站为二级汽车客运站，位于南京化学工业园区宁六路400号，雍庄立交与葛塘立交之间。葛塘站区位优越辐射面广，依托雍庄立交，北通鲁冀、南达沪杭、西到皖豫、东至通扬，是省会城市南京的门户。葛塘站服务圈辐射范围包括南京化学工业园区、六合区、浦口区。葛塘站占地面积14亩，建筑总面积5736平方米，停车场地6000平方米，公共基础设施配套齐全，设计日发旅客量5000人次。目前随着地铁S8号线的贯通，葛塘站年发送旅客已逾60万，并实现与南京各公路客运站联网售票和一线通配载。
南京桥北汽车客运站为二级汽车客运站，于1999年1月建设投运，位于南京长江大桥北端，大桥北路22-1号。车站占地面积13000平方米，站房建筑面积3000平方米，站前广场2000平方米，停发车场8000平方米。现有进站班车近240辆，进站线路90条，平日发班300余班次，日均发送旅客1700人次，节假日客流高峰期间，日发送旅客8000人。主要客流方向为淮安地区、扬州地区、巢湖地区、滁州地区。